Có thể thuyền trưởng người Tây Ban Nha Bernando de la Torre là người đầu tiên đã thấy Okinotorishima vào năm 1543. Năm 1565, Miguel López de Legazpi chắc chắn đã thấy Okinotorishima. Các ghi chép đầu tiên gọi hòn đảo là Parece Vela.

Năm 1789, William Douglas cùng với một tàu của Anh tên là Iphigenia đi qua vùng này. Một năm sau đó, nơi này được đặt tên là rạn đá ngầm Douglas (có thế viết là Douglass).[1] Có vẻ như người Nhật không biết tới sự tồn tại của đảo san hô vòng này cho đến tận năm 1888. Vào năm 1922 và 1925, tàu Hải quân Nhật Bản Manshu khám phá ra khu vực này.[1] Năm 1931, sau khi xác nhận được là không có quốc gia nào tuyên bố chủ quyền với đảo san hô vòng này, Nhật Bản đã tuyên bố đây là lãnh thổ Nhật, trực thuộc tỉnh Tokyo, xếp đảo vào thôn Ogasawara và đặt tên là Okinotorishima.[1]

Từ 1939 đến 1941, Nhật Bản đã thiết lập hoàn chính "một hải đăng và một trạm quan trắc khí tượng". Tuy nhiên, việc xây dựng bị ngắt quãng vì Chiến tranh Thế giới lần thứ hai bùng nổ.[1] Sau khi Nhật Bản thất trận, Hoa Kỳ đã nắm được chủ quyền của quần đảo Ogasawara và sau đó trao trả quần đảo cho Nhật Bản năm 1968.[1]

Giữa năm 1987 và 1993, chính quyền Tokyo và sau đó là Chính quyền Trung ương đã xây dựng các đê chắn sóng bằng thép và tường bê tông để ngăn chặn sự xói mòn của Okinotorishima. Ngày nay, chỉ còn ba trong số năm khối đá hiện diện năm 1939 là còn nổi trên mực nước biển. Năm 2007, một cột mốc nhẹ được Lực lượng Bảo vệ bờ biển Nhật Bản hoàn thành để nghiên cứu về thủy văn.